​Les principales missions de la FN3PT et de ses Organisations de Producteurs (OP) sont la défense des intérêts généraux des producteurs de plants de pomme de terre et, en particulier : 

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- la mise à disposition de moyens humains, matériels et informatiques dans le cadre du contrôle et de la certification et la possibilité de répondre, en tant que groupement solidaire FN3PT/OP, aux besoins de la Direction de la Qualité et du Contrôle Officiel (DQCO, SOC France) pour les opérations de prélèvements, d'inspections (cultures et lots) et d'analyses ;

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- la traçabilité du plant de pomme au travers du développement d'outils informatiques ;

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- la coordination du réseau de laboratoires agréés des OP pour les analyses officielles ;

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- la gestion de la Collection Nationale Variétale et Sanitaire (CNVS) et la production de matériel généalogique in vitro dans les laboratoires OP ;

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- la contribution à la planification par ses membres des surfaces en plants certifiés, notamment concernant les variétés libres de droits d’obtenteur ;

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-  la gestion de la section plant de pomme de terre du FMSE (Fonds national de Mutualisation du risque Sanitaire et Environnemental) mais aussi la mise en place d'un cahier des charges pour la production basée sur certaines mesures préventives ;

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- l'amélioration des techniques de production, de conservation, de protection phytosanitaire et de conditionnement, en promouvant notamment des méthodes de production respectueuses de l'environnement ;

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-  de développer les approches économiques de la production de plant ;

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- la représentation des producteurs de plant auprès des instances publiques et professionnelles sur le plan national, communautaire et, le cas échéant, au-delà ;

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- de développer l'appui aux exportations via l'association France Plants

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- de missionner inov3PT, l'Institut Technique Agricole (ITA) du Plant de Pomme de Terre pour mener des travaux de recherche, développement et d'innovation​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​​